如今整座寺院还保留着明代的建筑风格，古朴大方厚重。云门禅寺前一片石林耸立，有的像石笋，有的像帽子，形态各异。岩壁有不少摩崖石刻，是清咸丰年郑宪庆录历代名人如宋状元黄裳、宋枢密使郑昭先、明代林鸿等游云门寺时写的诗文。其中郑昭先咏《狮子岩》的五言古诗写于他八岁时，才气横溢：“生出群毛长，英雄跨百尊，爪牙应大用，今且踞高冈。”还有不少摩崖石刻，如“龙冈”、“头头是道”、“坐禅处”、“青云梯”、“狮子石”等。这些摩崖石刻有较高的艺术价值。
云门禅寺风光秀丽，环境幽静。鹤山右侧怪石林立千姿百态，苍松翠柏点缀其间。远眺闽江烟波浩渺、风帆点点，脚下平洋稻浪翻滚，水师营地、亩忠堂郑氏祠堂、郑和下西洋驻舟的太平港古道头历历在目，与绿树红花相映成趣。波碧山青，胜似蓬莱仙境。前人曾赋诗赞道：“三山名胜誉涌泉。左海南疆有云门。”把鹤冈云门禅寺与鼓山涌泉禅寺相媲美。
