地宫东侧靠墙置造塔记碑一通，碑上刻有碑文，清晰可辨：
敕赐承天院造塔记
皇宋治平四年，岁次丁未甲辰月辛亥日，安葬祖师证因大师娄道者砖塔内；佛牙舍利，具录宋朝宣赐金字牌院额事件等。一奉两朝，圣恩宣诏证因大师入内供养。一奉太宗皇帝，淳化三年正月内宣赐：御制御书偈子一首，御制秘藏诠三十卷，御制逍遥咏一十一卷；次遇真宗皇帝，景德四年十一月内宣赐：御制御书偈子二首。并在本院收管，永为纪录。”
证因大师两次奉诏“入内供养”，荼毗后，仁宗又为其建塔，并赐塔名和匾额。一个僧人，受到三朝皇帝如此尊崇，实属罕见。
地宫北壁有供台，台上放置一石函，前方宽，后低窄，全函形制仿棺式样。整体长75.4厘米，宽32.2厘米，高35厘米。分函盖和函体两部分。函盖上满刻为浅浮雕缠枝忍冬等花卉图案，函体壁两侧分别为阴刻线雕《高僧说法图》和《涅槃图》，人物形象丰满，花卉富丽充盈，栩栩如生，清晰可辨。地宫中出土之文物，多置于此函内。石函内装有银椁（又称银棺），椁身呈长盒形，长21.5厘米，宽8—10厘米，高6.8—11厘米，重470克，椁体造型虽简，然周边錾刻之图案却美轮美奂。银椁内装有金棺，金棺全长16.3厘米，宽6.2厘米，高7.2厘米，重193克。金棺内又装有银盒，盒内存放着证因大师的骨灰。
涟水能仁寺佛牙殿
在石函里发现的文物中，最珍贵者为佛牙。佛牙计2枚，其一，置于金棺内，长6.7厘米，呈方棱柱形，有齿面，一端损毁。经省文物专家鉴定，应为动物牙齿（马牙）。其二，置于石函内，木质碳化，形制与尺寸同前者。二者均为佛教意义上的影骨舍利。关于它的来历和如何入葬，已无确切资料可考，然经多位专家鉴定后形成一致共识，无外乎两种可能：一种可能是，前者系证因大师生前收藏而供奉的圣物，宋乾兴元年（1022年）他圆寂后和骨灰、舍利子一起供奉在卧佛殿内。后者，木质佛牙系后来僧众制作，用于卧佛为证因大师超度或举行佛事活动时使用的影骨舍利，到宋治平四年（1067年）庆徽大师安葬祖师证因大师骨灰、舍利子时将二者一起入塔。第二种可能是，证因大师圆寂以后，一直被供奉在卧佛殿内达45年之久，而佛牙是必不可少的供奉之物，所以后来僧众便找来马牙及制作木质马牙，将经过开光的影骨舍利，一并供奉在卧佛殿内，直到宋治平四年安葬证因大师骨灰和舍利子时一并入塔。尽管说法不一，但这两枚佛牙为影骨舍利确定无疑。在佛教意义上，它都是非常重要的神圣之物。略有佛教常识的人都知道，凡是供奉和安葬德高望重的高僧大师，佛牙舍利往往是不可或缺的神圣之物。佛经上讲，见佛舍利如见佛，佛舍利可以用各种物品替代，包括用动物牙齿替代，此即影骨之谓。对佛牙舍利的替代品，也要像对待佛陀真身牙舍利那样恭敬礼拜，就像以金、银、铜、泥、木、纸各种材质制作的佛像，都应视作佛陀本身而不可有些许轻慢。
原妙通塔出土的佛牙影骨舍利
石函里还藏有金凤钗、水晶、铜钱、舍利子、云母罐、箍形器和宋代青白瓷盘口瓶、色彩斑斓的玻璃瓶等很多随葬物品，其中舍利子两瓶，其一，存放在银椁金棺中玻璃瓶内，有若干粒，细如芥子，内有白色骨片，据此可以断定是证因大师的生身舍利。其二，存放于石函内青白瓷盘口瓶中，共49粒，此瓶底书写一圈“庆因所收舍利一瓶入塔”，可知该瓶舍利子是证因大师生前收集的神圣之物。
1999年3月,涟水县有关领导带着发掘喜讯赴京向国家宗教局和中国佛教协会汇报了妙通塔地宫出土文物情况，并恭请中国佛教协会会长赵朴初居士为能仁寺、妙通塔题写匾额。
在涟水县委县政府的直接领导和关怀下，由于各界贤达大力支持，妙通塔于1999年6月1日在原址开工复建，2002年9月建成。能仁寺于2004年8月复建，2007年10月建成。寺院占地约50亩，总建筑面积9645平方米，斥资4000余万元。整个建筑群布局紧凑严整，主体突出，典雅古朴，呈鲜明的宋代建筑风格。
寺院布局
寺院建筑沿中轴线对称布置，主体建筑坐北朝南，有妙通塔和天王殿、大雄宝殿、佛牙殿、藏经阁、方丈楼四重大殿，以及左文殊殿，右普贤殿，左观音殿，右地藏殿，左祖师殿，右伽蓝殿六个偏殿。此外还有钟楼、鼓楼、新涟阁、念佛堂、讲堂、戒堂、律堂、寮房、客房、会客室、斋堂等附属建筑。
天王殿是第一重大殿，前面是照壁，壁上嵌“慈航普渡”四个大字。天王殿两侧左为能仁寺法物流通处，右为能仁美术院，正门两边为能仁寺住持曙正法师亲手题书的对联：“童真入道安邦护国度群迷，菩萨化身辅正摧邪弘圣教。”行笔流利畅达，清劲秀逸。门上方悬挂的是已故中国佛教协会会长赵朴初题写的“能仁寺”匾额，笔力劲健，古朴端庄。天王殿正中供奉的是笑口常开、袒腹赤脚的弥勒佛，他右手持念珠，左手握布袋，笑容可掬，惹人喜爱。两旁一副对联更是精彩：
大肚能容了却人间多少事
满腹欢喜笑开天下古今愁
大殿两侧为手持琵琶、手擎宝盖、手挽蛟龙、手执宝剑的四大天王，“统御诸神恶鬼，令其不敢肆虐”，各掌管东南西北四天下。天王殿佛像均为传统塑像贴金彩绘手工制作。弥勒佛像背后立着“镇守天庭佛域，降除妖魔鬼怪”的护法神韦陀，它巍然肃立，金甲金冠，修眉凤眼，威武雄壮。韦陀像采用传统木雕工艺。
天王殿后门两侧为钟鼓楼相峙，左侧是钟楼，铜钟重25吨，口径2.19米，高1.8米。右侧与钟楼相对的是鼓楼，法鼓口径2.19米，腹径1.5米，重800斤。晨钟暮鼓，是以提醒三界众生，加紧修行，救度自身。
出天王殿北门，迎面所见的是巍然耸立的妙通塔，直指蓝天。复建后的妙通塔基本保持原有风格，塔身八角形，塔基直径22米，塔身高50米，塔刹高18.88米，总高68.88米，塔总建筑面积1719平方米。地上七层，地下一层为地宫；塔内置佛像68尊。登上塔顶，举目四顾，涟城自然风光的宜人之处和盎然情趣，尽收眼底。涟漪湖，婀娜多姿，塔影摇曳，水天一色；五岛公园，丰韵绰约，曳柳掩映，四季飘香。寺、塔、湖、岛，交相辉映，浑然一体，俨然就是一处人间仙境。
佛教从印度传入中国之初，塔是佛寺的中心建筑，但到了唐宋后，佛塔的地位有所下降，通常已不建于寺庙的中心位置，而是另辟别院起建。但妙通塔却属例外，它巍然矗立于大雄宝殿前，是何原因？从前文所引史料可知，娄道者治好宋真宗太子病，宋真宗赐他“证因大师”，后宋仁宗为之建塔，加谥“蹈宝华如来”，并改承天寺为“能仁教寺”。“能仁”，梵语的意译即释迦牟尼，“如来”系释迦牟尼“十大名号”之一，娄道者在涟水能仁寺出家，后又住持能仁寺，他受到两朝皇帝推崇备至，且与释迦牟尼佛联系在一起。所以，涟水人在建塔时将塔建在大雄宝殿前亦是情理中之事。
