兴化寺南院是方丈和僧众住宿禅修之处。共三进院落，今尚有房42间，分为藏经楼、祖堂、法堂、丈室、板堂、寮房、斋堂、库房及僧舍等，总称禅院。其禅院建于明宣德年间，由高僧文安率信众助资而建，设计精巧，幽雅别致，历代僧人多加以修缮，至今保持原有风貌。

禅院曲径迴廊，幽邃深远。各过道门上嵌“鹿苑”、“光明”、“朗照”、“鹫峰”字样，笔力遒劲，洒脱超然，给人雅静舒适之感。法堂前红漆抱柱上刻有“坐破蒲团参透禅关潭印月，腾空锡杖洗清欲海钵生莲”楹联。楹联描绘僧尼虔诚修行，及得智慧之悟理妙境。

禅院之西称“别有洞天”小景。由“竹林”、“洞天”、“小庐”、“花园”、“水池”组成小天地，供僧人禅修之余，散步的场所。“竹林”北端石壁上有清乾隆癸酉（公元1753年）季夏，彭城杨四知所题“洞天”二字。清人杨四知还在清乾隆癸酉孟秋，为“得真”大法师题诗：“洞天原是旧先天，在此遂缘是真仙，无作禅机何处觅，花香鸟语意无边。”此亦说明洞天小景有别具一格的风韵。

另有庚申（公元1980年），我国著名书法家李一泯所书的“洞天”，嵌竹林过道上。“洞天小庐”建于已未年秋（公元1979年），此四字为原徐州市委书记、书法家汪冰石所题。

兴化禅寺几经沧桑，但历代和尚惨淡经营，解放后人民政府于五十年代维修，大佛殿仍安然无恙。可是，“文革”期间（公元1965－1974年），大佛殿被浩劫一空。法器全无，大石佛头被砸，近千尊小石佛遭到不同程度破坏，几近殆尽，从此兴化寺由园林部门管理使用。

自公元1919年，第十一代效周和尚接仁山和尚的法嗣为兴化寺住持后，于1934年效周正式升座。在为仁山和尚做冥寿不久，正逢皇藏峪瑞云寺冬领和尚传戒，戒期以效周为尊证师和得戒老和尚（第十一代效周和尚圆寂于1968年1月）。

传戒为徐州佛教一件大喜事，请来知名人士送很多匾额悬挂。其中一块为仁山老和尚做冥寿之特大匾额悬于斋堂之上，增添光彩。传戒时，老戒师五百余人，新戒者二百五十多人。此盛况在兴化寺历史上是空前的。当时，效周为得戒和尚，济老和尚为羯摩，冬领为教授，善一为尊证师。戒期圆满后，新戒师们搭衣持钵在大街上亮戒，结缘施舍的人很多，观看的人不可胜计。这次的传戒给当时的兴化寺增添了许多的庙产。

解放前夕，效周传法于戒弟子习三。一九五二年，习三还俗并交了法卷，效周仍料寺务。直到一九六三年，效周和尚正式传法于玉光，为兴化寺第十二代住持。此时，冬领、育参为三师；善一、妙静为引礼师。当时，佛教界参加的人很多，也很热闹，但不幸的是玉光法师于一九六六年春天因病圆寂。

一九七九年，徐州市民族宗教事务处正常开展工作，因兴化寺无人，请妙静兼管寺院移居寺内。一九八二年旧历正月三十日，妙静圆寂，享年八十六岁。火化后，遵照妙老遗嘱，由常闻和尚等把骨灰运往南京燕子矶投撒长江中。继妙静后，有新沂窑湾常修法师在兴化寺居住。直到兴化寺正式由佛教协会接管。常修于一九八七年十月因病圆寂于云龙区医院。火化后，根据本人遗言由全乘、王怀信、黄传文把骨灰投入南京燕子矶长江中。

从此，徐州兴化寺在党和政府的关怀下，落实了宗教信仰自由政策，并于一九八六年一月二十日正式由园林局移交给僧尼管理和使用。兴化寺在隆启尼师、常慧等师傅们的护持下，大力发展佛教事业，置办了法器、供桌，重新装塑了佛像全身，维修殿堂、僧舍，使兴化寺由原来的冷清凋落，枯枝败叶满阶的沉寂状况，得到了复苏。一九八六年六月二十五日，寺院举办了“祈祷世界和平会”。又经省、市宗教部门支持，从南京棲霞寺请来了养熙大和尚和全乘当家师，为弘法利生，教授青年僧尼课诵、念唱及研究佛法，续佛慧命，为庄严道场打下了良好基础。

养熙和尚当年七十八岁，1911年生于江苏泰县姜堰镇溱潼（现在的泰州市姜堰市溱潼镇），俗姓周名锡宾，号枢安，父早逝，1923年他十二岁于泰县乐善庵依卓文师傅出家，1932年他二十一岁受戒。1934—1937年于镇江玉山佛学院求学三年。因生病回乡治疗。1940年病愈，时三十岁始到南京古林寺销假，先后任维那、副寺和受记（预备方丈）。1948年为古林寺住持。

1951年，养熙又回到家乡姜堰溱潼为禅农。1979年挂单金山寺。1980年，随迎鉴真和尚像事，养熙到南京棲霞寺。先后任后堂首座、知客、僧值、维那。1987年2月来兴化寺任住持。

养熙老和尚净、禅双修，佛学经论有很深造诣。

全乘老和尚时年六十七岁，江苏省东台县人，十一岁出家于东台县接引庵。二十岁在宝华山求戒，后至南京古林住钟板堂参学。后于一九四五年到常州天宁寺佛学院学习三年。一九四八年为南京金粟庵住持。不久，又到棲霞寺专修净土法门。一九八七年二月，由棲霞寺来徐州住持兴化寺。他历任江苏省佛教协会常务理事、徐州市佛教协会会长、云龙山兴化寺方丈、徐州市政协委员、市人大代表等职。

一九八六年一月二十日，徐州市佛教筹备委员会正常对外开展工作。这年农历二月十九日云龙山庙会盛况空前，三万余人如潮水般涌向兴化寺。香烛火焰高达数尺。副市长汪光焘与群众共欢助兴。

同年，佛教协会始修缮僧舍、庙宇、殿堂计六十二间，二千四百多平方米，整修了西山门，加宽西山门石阶，方便游客。备置各种法器，制作僧衣缁衣、袈裟二十余套（件）。兴化寺开始接待参学及挂单和尚。

一九八七年，佛教协会集中人力、财力以修缮寺庙。同时，请来了浙江的汤丙泉师傅为兴化寺雕塑佛像。首先将十八罗汉、济公、疯僧重新雕塑。相继雕塑弥勒、韦驮像，佛像法身均比原来的佛像高大一倍。然后，重新装塑了大石佛像。

该佛像身高十一点六米，宽六点五米，总计七十五平方米。其面部就有三十五平方米。这样大的佛像装塑，非件易事，佛像全部装塑完毕后，进行了上漆贴金，用纯金箔一万三千多张，折合黄金六两（300克），用合金箔七千张，总计用金箔二万余张。整修装塑后的大石佛及宝殿焕然一新。同时又添置了精雕细刻的香案、宫灯、大鼓、木鱼、铜磬等用具及法器。为保护罗汉、弥勒、韦驮殿内的佛像不受污染和损坏，又为这些佛像法身安装了玻璃龛罩，使整个兴化寺内呈现金壁辉煌景象。佛像庄严肃穆亦增添了佛日光辉、法轮常转的气势。这里的佛事活动恢复了正常。